Maahad Muhammadi Perempuan ditubuhkan secara rasminya pada 1 April 1937M bersamaan 20 Muharram 1356H dengan ampuni perkenan dan titah Baginda ke Bawah Duli Yang Maha Mulia Al-Sultan Ismail Ibni Al-Marhum Al-Sultan Muhammad IV, Al-Sultan dan Yang Dipertuan bagi Negeri Kelantan Darul Naim. Cetusan idea penubuhannya oleh Tuan Haji Nik Yahya Bin Nik Daud sejak tahun 1935.
Maahad Muhammadi pada hari ini juga dikenali sebagai:
- Al-Madrasah Al-Muhammadiah Al-Arabiah (1937-1942)
- Al-Madrasah Al-Arabiah Jame’ Merbau Al-Ismaili (1942-1956)
- Al-Maahad Al-Muhammadi Al-Qismu Al-Arabi (1956-1973)
- Al-Maahad Al-Muhammadi Al-Qismu Al-Arabi (1956 – 1973)
- Al-Maahad Al-Muhammadi Lilbanin dan Al-Maahad Al-Muhammadi Lilbanat (1 Julai 1982)
- 1 April 1937, sekolah mula beroperasi di bangunan Pejabat Majlis Ugama Islam Kelantan di Jalan Sultan, Kota Bharu.
- 1 Julai 1942, sekolah berpindah ke Bangunan Jame’ Merbau Al-Ismaili dengan nama Madrasah Arabiah Jame’ Merbau Al-Ismaili.
- 1955, bangunan baru didirikan. Perpindahan ke bangunan ini bermula 3 Januari 1956. Bangunan asal Jame’ Merbau Al-Ismaili dijadikan Maahad Muhammadi Bahagian Melayu Perempuan.
- 9 Mei 1964, perasmian bangunan baru Maahad Muhammadi Jalan Merbau telah disempurnakan oleh Ke Bawah Duli Yang Maha Mulia Al-Sultan Yahya Petra Ibni Al-Marhum Al-Sultan Ibrahim, Sultan dan Yang DiPertua Negeri Kelantan.
- 1 Julai 1982 Maahad Muhammadi dipecahkan kepada dua bahagian, lelaki dan perempuan dengan ditadbir oleh 2 orang pengetua secara berasingan. Maahad Muhammadi Lelaki dipindahkan ke Jalan Pengkalan Chepa mulai 15 Oktober 1983.
